Depois do incêndio e da destruição da primeira Fundação de Panamá em 1671, pelo pirata Inglês Henry Morgan, a cidade foi transferida à partir de 1673 para o lugar que compõe Casco Antiguo, e isto acarretou a construção de uma nova Igreja. A atual Catedral é herdeira da erguida pelo Papa Adriano VI, a que fora a casa do Cacique Cémaco, que enfrentou os conquistadores espanhóis e se ofereceu para estabelecer uma aldeia em 1510, dedicada a Santa María de la Antigua em Darién. No ano de 1513 foi emitida a Bula Papal, que elevou a classificação de Diócesis a La Antigua e a igreja à Catedral, sendo seu primeiro bispo Ray Juan de Quevedo.Em 1510, por ordem de Pedro Arias de Ávilla é abandonada Santa María La Antigua de Daríen para tranferir-se para a recém fundada Panamá a beira do mar do Sul e a Catedral da nova aldeia herdou a transferência de emblemas, touros e relíquias, que inicialmente eram feitas de madeira.
Sua fachada é de pedra lavrada, tem duas torres laterais com incrustações de madre-pérola, que brilham com a luz do sol e que a faz ter um brilho especial, as paredes são de pedra, a fachada é talhada em estilo do Renascimento, com elementos clássicos de decoração, com estátuas dos doze apóstolos, três naves e são acessadas diretamente através das três portas da frente, para isto tem que subir sete escadas, que representam os sete pecados capitais, que você deixa para trás quando entra na Catedral.
O altar principal foi feito no final do Século XIX, possivelmente por professores franceses, que trabalharam na construção do Canal interoceânico.Abriga as relíquias trazidas de Sevilla de San Aurelio e San Getulio, primeiro à Darién, depois a Panamá Viejo e dali ao local atual.Os sinos datam do século XVIII, presenteados pelos antigos bispos panamenhos, que haviam sido transferidos para América do Sul, quando os originais ficaram sem serviço ao derreterem-se parcialmente no incêndio de 1737.
A Catedral Metropolitana é o único edifício colonial com cúpula. Ela tem uma cripta dos Bispos e tem dez janelas grandes, que são enfeitadas com vitrais do século XX, influênciados pela arte decorativa. A Arquidiocese do Rio de Janeiro, ofertou as lâmpadas de bronze, com desenho tradicional.Os retratos a óleo dos bispos que a têm presidido decoram as paredes ao longo das naves laterias.
É a igreja onde os Presidentes da República fazem todos os atos protocolares, também é onde repousam os restos mortais do ilustre panamenho General Tomás Herrera,que foi chefe de Estado do Estado Livre do Istmo, atual Panamá, durante 1840 e 1841.
Sem dúvida é um lugar para o reencontro com a história, o permitirá entrar em contato com as raizes culturais e o passado colonial desta cidade, venha e aproxime-se para o lado oeste da Plaza Mayor (Praça Maior) de Casco Antiguo de Panamá.
