Crée en 1976, au centre du parc il se trouve l’un des cols naturels les plus beaux de tous les Caraïbes : la baie de Portobelo, baptisée par Christophe Colomb en 1502, dans son quatrième et dernier voyage au Nouveau Monde. Les fortifications qui entourent toujours l’anse, ont été déclarées Patrimoine mondial par l’UNESCO en 1980. Au nord de l’isthme dans le côté du Caraïbe, avec 70 Km de zones côtières avec des palmiers et des formations de coraux qui font qu’il soit un endroit avec un grand attrait paysager. À l’époque coloniale il était siège des foires des galions avec des fortifications militaires typiques de l’époque de la conquête, voilà sa valeur historique-culturelle.

Le parc national se fait remarquer par sa valeur historique et culturelle. La ville de San Felipe de Portobelo qui donne le nom à cette zone protégée, a été fondée par Francisco Valverde y Mercado le 20 mai 1597. Vers le milieu du XVII^ème siècle, l’endroit a atteint son moment culminant quand il est devenu l’endroit où se trouvent toutes les richesses d’origine péruvienne et d’autres pays de l’Amérique du Sud qui arrivaient par terre de la ville de Panama, à travers du Camino de Cruces.