Em troca, pelo lado paterno foi o sobrinho de Juan Dias Amador, governador de Cartagena, durante o cerco de Morillo e de Martín Amador, fusilado pelos espanhóis em 1816.c

Manuel Amador nasce da união de José María Amador e Mercedes Guerrero e Córdoba. Estuda medicina na universidade de Cartagena e emigra ao Panamá em 1855, ano que se inaugurou a ferroviária do istmo, que trouxe uma relativa prosperidade a este Departamento, tornando-se passagem obrigatória de povos e mercadorias norte americanas durante a chamada “febre do ouro”. Amador se empregou como médico da Companhia Ferroviária, empresa da qual saíram todos os segmentos, que promoveram, anos depois, a separação do Istmo da Colômbia. Seu matrimônio com María de La Ossa, o vincula as famílias da oligarquia comercial do istmo.

Para a década de sessenta, aparece Amador na política local dentro dos anfitriões do partido conservador, no qual se destacou ocupando importantes cargos públicos: membro do Congresso pela província de Veráguas; Primeiro Designado do Estado Soberano de Panamá em 1866; Presidente desde 1867, ainda que não possa exercer o cargo; Chefe Civil militar interino em 1887, assessor do governador Víctor Salazar, durante a guerra dos Mil Dias; proposto por este último como membro do Senado em 1902-03, cargo que lhe foi concedido pelo vice-presidente Marroquín, o qual constitui, segundo Lemaitre, um de seus personagens móveis, para promover a “separação”.

Sua militância conservadora, seus vínculos familiares e sua relação estreita com os interesses norte-americanos podem explicar por que desempenhou um papel chave no momento crucial em que o governo de Teodoro Roosevelt decidiu se apoderar de Panamá, para construir o Canal, após o Congresso da Colômbia rejeita, a 12 de agosto de 1903, o Tratado Herrán-Hay. E no entanto, segundo Ovidio Díaz, “a primeira vista, o doutor Manuel Amador Guerrero, parecia um candidato muito improvável para liderar a revolução.”