O exército realista da cidade de Panamá estava a mando do Coronel José Fábrega, crioulo oriundo de Veraguas, o qual foi aproveitado pelos nativos do istmo, obtendo a cumplicidade, do Coronel Fábrega, as sociedades patrióticas e o clero, que contribuiu economicamente ao movimento.Em 28 de novembro, a câmara Municipal convocou o Conselho Aberto e no ato solene, na presidência das autoridades militares, civis, e eclesiásticas, se declararam quebrados os vínculos, que atavam o Istmo de Panamá, com Espanha.Entre os personagens ilustres se encontravam José Higinio Durán e Martell, o bispo de Panamá, Dr. Carlos de Icaza, Mariano Arosemena, Juan de Herrera, Narciso de Urriola, José de Alba, Gregorio Gómez, Manuel María Ayala, Antonio Planas, Juan Pío Victorias, Antonio Bermejo, Gaspar Arosemena e Casimiro del Bal.

Em 30 de novembro de 1821 , as fragatas de guerra Prova e Vingança chegam a baía de Panamá acompanhadas, para buscar o resto das tropas espanholas.Os capitães espanhóis José de Villegas e Joaquín de Soroa assinaram um tratado de paz com o General José de Fábrega (promovido a General e nomeado chefe civil e militar do istmo por Simón Bolívar) a 4 de Janeiro de 1822, entre a monarquia espanhola e os patriotas, onde concordam com não agressão aos territórios do Istmo, e a retirada de tropas e todos os barcos da Coroa Espanhola, da nova nação do Istmo.

A falta de orçamento, o pouco armamento militar com o que se contava e a insegurança de ser república por Espanha, põe em perigo o seguir com a aventura independente do istmo, pelo que se propõem a união com algumas das novas nações americanas, entre elas os vizinhos da união centro americana e a nação do Peru, que havia sido o principal sócio comercial do Istmo, na época colonial.

No entanto, os patriotas panamenhos admirando a liderança e a visão do Libertador Simón Bolívar e pela prévia associação colonial do istmo a Virreinato de Nueva Granada, tomam a medida de unir-se voluntariamente a República de Colômbia.