Outra forma de conhecer o Canal bem de perto é fazer a travessia em alguns dos mini cruzeiros que oferecem esta oportunidade única, enquanto se ouvem palestras sobre a história e funcionamento da importante via marítima. O viajante pode optar por uma viagem através de um ou dois conjuntos de comportas, ou fazer o trajeto completo de um a outro mar, com a possibilidade de pernoitar nas águas do Canal, perto do rio Chagres. Durante esta jornada reveladora, o viajante transita bem perto dos gigantescos e centenários muros de concreto e das monumentais portas de aço que abrem e fecham as comportas, enquanto vivem a experiência em sua real dimensão.