Toda a operação do Canal do Panamá está sustentada pelas reservas de água de sua bacia hidrográfica, à qual contribuem numerosos rios. Para manter essas fontes fluviais, a via aquática está situada dentro de uma zona selvagem protegida de 16 quilômetros de largura, que corre ao longo dos 80 quilômetros de extensão da extremidade dos canais. Há vários locais nesta região onde se pode observar a abundante biodiversidade da floresta tropical chuvosa, entre elas o Parque Nacional Soberanía, o Caminho do Oleoducto, o Jardim Botânico Summit, a ilha de Barro Colorado, O Caminho El Charco, a trilha do Caminho das Cruzes, O caminho da Laguna e o Parque Nacional Chagres.