Se podría decir que el Río Chagres originó la idea del Canal, pues en el tiempo de la conquista hispana sus aguas navegables hacían parte del Camino de Cruces, que atravesaba el istmo enlazando el Caribe con el Pacífico. Este poderoso río descubierto por Cristóbal Colón corre a lo largo de espesos bosques tropicales y en sus aguas abundan los peces, nutrias y lagartos. En el curso medio del río, en los alrededores del Lago Alajuela, existen comunidades indígenas Emberá que ofrecen al visitante la oportunidad de tomar contacto con la vida de los nativos, mientras se disfruta el asombroso paisaje selvático que cubre la ribera del río. En estos parajes abunda la fauna característica de la jungla, principalmente aves, monos, jaguares tapires y serpientes.