Pode-se dizer que o Rio Chagres originou a ideia do Canal, pois no tempo da conquista espanhola suas águas navegáveis faziam parte do Caminho de Cruzes, que atravessava o istmo ligando o Caribe com o Pacífico. Este poderoso rio descoberto por Cristóvão Colombo corre ao longo de bosques tropicais espessos e em suas águas há abundância de peixes, lontras e lagartos. No curso médio do rio, nos arredores do Lago Alajuela, existem comunidades indígenas Emberá que oferecem ao visitante a oportunidade de ter contato com a vida dos nativos, enquanto desfrutam da assombrosa paisagem selvagem que cobre a margem do rio. Nestes locais, há abundância de fauna característica da selva, principalmente aves, macacos, onças, antas e serpentes.